机体免疫系统识别“自我”与“非我”的能力对人类的健康至关重要，因为对自身成分的识别紊乱将导致组织损伤和自身免疫性疾病。如类风湿性关节炎(RA)、系统性红斑狼疮(SLE)、干燥综合征、硬皮病、白癜风等。大量研究已经发现T细胞、B细胞、固有免疫识别系统、致病性抗体、补体以及效应细胞在自身免疫性疾病的发病机制中发挥主要的作用，而且这些机制往往相互交叉.错综复杂。由于易感基因、环境因素以及感染因素的作用，对这些疾病的免疫机制及其激发因素的研究将变得更具挑战性Ⅲ。

　　许多自身免疫性疾病的病程缓慢，在疾病发生前的几个月甚或几年就开始表达某些自身抗体。例如.抗环状瓜氨酸肽(anticyclic citrullinated peptide，抗CCP)抗体在RA症状明显前的中位数为4.5年即出现.抗CCP抗体和类风湿因子可以作为RA发作及其严重性的先兆性标志。这种通过自身抗体预知自身免疫性疾病或其临床表现的能力为进一步筛查健康人群自身免疫性疾病提供了可靠的依据，甚至可通过预防性治疗来阻止自身免疫性疾病的发作。例如.预防性给予抗磷脂综合征患者服用阿司匹林;对有SLE倾向的患者服用维生素D、避免紫外线照射等。